1940. su godine Njemačka, Italija i Japan u Berlinu sklopili vojni savez poznat pod nazivom Trojni pakt. S vremenom su Trojnom paktu pristupile i druge države koje su bile saveznice ovih triju zemalja, a među njima bila je i Kraljevina Jugoslavija koja je pristupila paktu 25. ožujka 1941. Budući da je Velikoj Britaniji smetalo jačanje Njemačke u jugoistočnom dijelu Europe, pomogla je skupini vojnih časnika da izvrše državni udar i postave kralja Petra na prijestolje. Takav razvoj događaja uzrokovao je da Njemačka napadne i osvoji Jugoslaviju. Na području današnje Hrvatske te Bosne i Hercegovine 10. travnja 1941. uspostavljena je Nezavisna Država Hrvatska (NDH), ali bez Međimurja i Baranje koje je anektirala Mađarska i bez znatnog dijela hrvatske obale i otoka koji su predani Italiji. Vodstvo NDH ponuđeno je Vladku Mačeku, ali on je to odbio pa je na vlast došao Ante Pavelić, vođa ustaškog pokreta.

Nezavisna Država Hrvatska bila je ovisna o Njemačkoj i Italiji. Ubrzo su pod utjecajem tih dviju zemalja u NDH uvedeni rasni zakoni. Posljedica toga bila su masovna ubojstva i deportacije Židova, Roma, Srba i protivnika ustaškog režima – partizana i komunista u koncentracijske logore. Najveći logor na teritoriju NDH bio je Jasenovac. Ustaški režim od samih je početaka imao svoje protivnike. Pokret otpora predvodili su partizani koji su svojim diverzantskim akcijama sabotirali komunikacije na području cijele Jugoslavije. 22. lipnja 1941. osnovan je Sisački partizanski odred te se i danas na taj datum slavi Dan antifašističke borbe. Partizanski pokret postajao je sve jači, a nakon kapitulacije Italije 8. rujna 1943., sve je više Hrvata pristupilo pokretu te su postupno oslobođeni teritoriji koje su Talijani bili okupirali. Na savezničkoj konferenciji u Teheranu potkraj 1943. odlučeno je da se partizanima na području okupirane Jugoslavije daje vojna pomoć. Oslobođeni su i drugi dijelovi Jugoslavije (Srbija, Slovenija), a 8. svibnja 1945. partizani su ušli u Zagreb. Time je NDH prestala postojati.

Na kraju rata, skupina ustaških vojnika i civila krenula je prema austrijsko-slovenskoj granici kako bi se predali Britancima. Međutim, Britanci su ih kod austrijskog mjesta Bleiburg predali partizanima. Velik dio zarobljenika tamo je ubijen, a ostali su vraćeni u Jugoslaviju. Počeo je takozvani „križni put“ kroz Sloveniju i Hrvatsku – zarobljenici su pješačili do logora, a na tom je putu mnogo njih umrlo od bolesti, iscrpljenosti, gladi i žeđi.